Soţii Ceauşescu au fost acuzaţi şi judecaţi pentru genocid şi subminarea puterii de stat, întrucât au determinat în decursul vremii moartea a 60.000 de persoane, au organizat acţiuni armate împotriva poporului român şi a puterii de stat, au distrus bunuri obşteşti şi au încercat să fugă din ţară pe baza unor fonduri de peste un miliard de dolari depuşi la bănci din străinătate. Aceste acuzaţii formulate de completul de judecată al Tribunalului Extraordinar Militar au fost încadrate în categoria crimelor grave săvârşite împotriva poporului român. Sentinţa (pronunțată după 90 de minute de discuții) a fost executată, în 25 decembrie 1989, în jurul orei 14.45, în incinta garnizoanei din Târgovişte. Mulţi au considerat că revoluţia poporului a fost furată astfel de către foştii comunişti. Au omorât pe cel care ar fi putut spune, chiar și din închisoare, multe despre noii lideri ai României democratice.

Dosarul soţilor Ceauşescu a dispărut imediat după redactarea sentinţei de către judecătorul Gică Popa, respectiv în perioada ianuarie-februarie 1990. Judecătorul care i-a condamnat la moarte pe soţii Ceauşescu, colonelul de justiţie Gică Popa, s-a sinucis la 1 martie 1990. După executarea soţilor Ceauşescu, sentinţa Tribunalului Extraordinar Militar a fost luată în evidenţă în registrul de executări penale, unde figurează la poziţia 1/1989, însă în niciun alt registru (opis, condică de şedinţă, condică de termene, registrul general de dosare) nu apărea înregistrat dosarul propriu-zis. În 15 decembrie 2003, Tribunalul Militar Teritorial Bucureşti a dispus, prin hotărâre judecătorească definitivă, reconstituirea sau înlocuirea dosarului referitor la judecarea şi executarea soţilor Elena şi Nicoae Ceauşescu, în decembrie 1989. Conform unor prevederi ale Codului de procedură penală, instanţa militară bucureşteană a reconstituit dosarul dispărut, în baza unei copii, fiecare act din acea copie fiind însă recunoscut şi asumat de persoanele care îl semnaseră. În 19 martie 2004, procurorul militar Dan Voinea (între timp pensionat-n.r.), cel care a întocmit rechizitoriul soţilor Ceauşeascu, a recunoscut copia actului de inculpare ca fiind conformă cu originalul întocmit şi semnat de el. Voinea era atunci ultima persoană implicată direct în evenimentele din decembrie 1989 care mai trebuia să-şi autentifice înscrisurile.

Conform evidențelor din anul 2005, întocmite de Secretariatul de Stat pentru Problemele Revoluționarilor (SSPR), instituție aflată în subordinea Guvernului României, numărul total al celor decedați prin împușcare pe durata revoluției a fost de 1142, al răniților de 3138, iar al celor reținuți se ridica la 760.